Η Γενική Γραμματεία Συντονισμού διαρθρώνεται σε Τομείς Πολιτικής, οι οποίοι επιμελούνται, σε συνεργασία με τα αρμόδια Υπουργεία, την κατάρτιση των Ετήσιων Σχεδίων Δράσης (ΕΣΔ) κάθε Υπουργείου, αλλά και την παρακολούθηση της εμπρόθεσμης και ορθής εφαρμογής τους. Κάθε σχέδιο δράσης περιλαμβάνει τους ετήσιους στόχους ενός Υπουργείου καθώς και τη σύνδεσή τους με τις στρατηγικές επιλογές της Κυβέρνησης. Οι στόχοι αυτοί εξειδικεύονται περαιτέρω σε δράσεις και έργα. Τα Ετήσια Σχέδια Δράσης απαρτίζουν το Ενοποιημένο Σχέδιο Κυβερνητικής Πολιτικής.